Teknik panen sangat berpengaruh pada kualitas buah atau biji yang dipetik dan juga akan memberikan efek pada tanaman yang dipetik.

Panen cengkeh yang biasa dilakukan oleh buruh petik dengan menggunakan tangga dari batang bambu dan memetik cengkeh dengan mengayuhnya pada cabang atau ranting yang tidak terjangkau, akan mengakibatkan pelukaan sehingga cabang atau ranting patah.

Tajuk tanaman menjadi rusak. Hal terburuk adalah tanaman menjadi kering karena sistem translokasi nutrisi tidak dapat berjalan normal. Kerusakan ini mengakibatkan tanaman cengkeh yang rusak memerlukan waktu yang cukup lama untuk pemulihan kondisi tanaman agar kembali normal seperti semula. Apabila setelah panen tidak dilakukan pemeliharaan secara intensif, tanaman akan mati.

Teknik pemetikan cengkeh yang benar sebagaimana yang dicontohkan pada Kegiatan Panen Cengkeh di Kebun Ngawen, Kota Salatiga dilakukan oleh petugas dari Balai Benih Perkebunan Jateng. Panen cengkeh dilakukan saat bunga mencapai matang petik yaitu kepala bunga terlihat sudah penuh tetapi belum membuka. Bunga cengkeh dipetik per tandan, tepat di atas buku daun terakhir. Daun terakhir yang berdekatan dengan bunga tidak boleh ikut terpetik agar tidak mengganggu pertumbuhan tunas berikutnya.

Pemanenan cengkeh dilakukan dengan memetik setiap dompolan bunga dengan hati-hati agar ranting tidak patah. Selanjutnya bunga cengkeh dijemur sampai kering.